赣州市医疗保障局于都分局由市医疗保障部门垂直管理，作为市医疗保障局派出机构，现有领导班子一正两副，分别为党组书记、局长，党组成员、副局长，党组成员、分中心负责人。内设机构共5个，分别为办公室（纪检监察室）、综合业务股、基金运行股、经办服务股、定点管理与稽核执法股。
    主要职责：一是贯彻执行国家、省、市医疗保障制度的法律、法规、规章、政策、规划和标准。二是组织制定并实施全县医疗保障基金监督管理办法，建立健全医疗保障基金安全防控机制，推进医疗保障基金支付方式改革。三是落实国家、省和市医疗保障部门医疗保障筹资和待遇政策。四是贯彻执行全省统一的药品、医用耗材、医疗服务项目、医疗服务设施等医保目录和支付标准。五是贯彻执行全市统一的药品、医用耗材价格和医疗服务项目、医疗服务设施收费等政策，落实医保支付医药服务价格合理确定和动态调整机制。六是根据国家、省、市有关规定，制定全县药品、医用耗材的招标采购政策并组织监督实施，按上级统一要求做好药品、医用耗材集中招标采购平台建设相关工作。七是贯彻执行市定点医药机构协议和支付管理办法，贯彻执行全市医疗保障信用评价体系和信息披露制度，监督管理纳入医保范围内的医疗服务行为和医疗费用，依法查处医疗保障领域违法违规行为。八是负责医疗保障经办管理、公共服务体系和信息化建设。组织实施和完善异地就医管理和费用结算政策。完善医疗保障关系转移接续制度。开展医疗保障领域合作交流。九是贯彻执行全市统一的基本医疗保险制度和大病保险制度，不断提高医疗保障水平，确保医保资金合理使用、安全可控，推进医疗、医保、医药“三医联动”改革，更好保障人民群众就医需求、减轻医药费用负担。十是完成县委、县政府交办的其他任务。